O'Connor đã trải qua bốn cuộc phẫu thuật tim năm 1990, và ông suốt qua đời sau 2 lần viêm phổi tháng 1 năm 1998. Ông mất vì biến chứng suy tim vào 27/9/2003, 78 tuổi ở Woodland Hills, California. Thi thể ông được hỏa táng và chôn cất ở Nghĩa trang  Forest Lawn–Hollywood Hills ở Los Angeles.

O'Connor ra đi để lại vợ, Gloria, và bốn người con. Gloria O'Connor qua đời do tuổi già vào ngày 4 tháng 6 năm 2013, thọ 84 tuổi.[13]